Misbakhun merasa tidak bersalah atas adanya keterlibatan dirinya dalam kasus Misbakhun ini yang menuding bahwa Misbakhun korupsi . Akhirnya Misbakhun tidak tinggal diam begitu saja, dirinya mengajukan Peninjauan Kembali (PK) untuk kasus Misbakhun ini pada Mahkamah Agung (MA), dan MA pun sudah memutuskan untuk menyatakan kasus Misbakhun ini bukanlah kasus pidana tetapi hanyalah kasus perdata saja. Karena tudingan Misbakhun korupsi yang terkait Bank Century sampai menyeret dirinya untuk masuk ke dalam sel tahanan. Hal ini berdampak atas kedudukan Misbakhun kala itu yang menjadi anggota DPR saat dirinya masih berada di dalam Partai Keadilan Sejahtera (PKS). Dampak dari tudingan atas kasus Misbakhun ini, Misbakhun akhirnya menerima hukuman dua tahun kurungan penjara oleh Bareskrim Mabes Polri saat pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dengan tudingan melakukan tindak pidana pemalsuan dokumen. Menurut Bambang Soesatyo (Bamsoet) bahwa sudah jelas-jelas kasu